Yo sigo creyendo que es un error confiar en edificios de software complejos, llenos de capas y con configuraciones complejas. Como siempre, porque sabes que ocurrirá, el día que tengas que restaurar una copia con toda la prisa del mundo montar el belén entero será un horror.
La solución a los backups existe desde que éramos niños: tar y cron. Ninguna red por enrevesada que sea tiene una estructura que no sea salvable con esas herramientas.
Si además quieres olvidarte de los problemas de los backups en remoto y puedes gastar dinero, usa tarsnap. Es un servicio de pago pero de precio razonable. La herramienta tiene el interfaz del tar, así que no hay que aprender mierdas nuevas. Cuando hace los backups se curra una «deduplication» y solo transfiere y contabiliza lo que realmente ha cambiado. Los datos se almacenan cifrados allí, y es cifrado de verdad, comprobado por criptógrafos de verdad. No es software libre (no puedes hacer tu fork) pero se distribuye con todos los fuentes del software cliente por si quieres analizar lo que hace (no quieres). Hay paquetes .deb para todas las distribuciones y es actualizable con apt.
Pero si pasas de pagar la solución es tar y cron. Para los backups remotos cifra los archivos y súbelos a las cientos de «nubes» (Drive, Dropbox, OneDrive…) que hay que no cuestan dinero. Un programa razonable de cifrado hará imposible que estas empresas miren lo que has subido (porque sabes que lo hacen). La única razón para no hacer cosas de estas es que tus datos sean ingentes (y aún así con una política razonable de archivado por tamaños o timestamps se puede hacer).
No necesitas un interfaz web para comprobar qué se ha copiado y qué no ni ningún otro fantasma que te muestre logs que supuestamente han ocurrido: necesitas restaurar los backups que acabas de hacer. Reserva un día tranquilo y ponte en modo «lo he perdido todo y tengo que restaurar desde cero todo el sistema». Si es necesario, usa una virtualización, que ahora salen gratis y funcionan bien.